اهداف درمانی هیدرونفروز شامل احیای جریان آزادانه ادرار از کلیه ها، کاهش تورم و فشار کلیوی و همچنین ارتقا عملکرد این اندام می شوند. مراقبت اولیه از بیمار بر کاهش درد و پیشگیری از بروز عفونت های مجاری ادرار تمرکز دارد. در غیر اینصورت، به مداخله جراحی نیاز خواهد بود. زمان بندی فرایند به علت زمینه ای هیدرونفروز و شرایط پزشکی مرتبط با آن بستگی خواهد داشت. برای مثال، در بیماران مبتلا به سنگ کلیه که مسیر ادرار به طول کامل مسدود نیست، به مدت 1 تا 2 هفته به بیمار فرصت داده می شود تا با استفاده از دارو های مسکن جهت دفع سنگ ها تلاش کند. با این حال، در صورتی که بیمار به یک عفونت کلیوی دچار شده یا تنها یک کلیه داشته باشد، جراحی رفع سنگ کلیه باید به صورت اورژانسی انجام شود. 

((سنگ شکنی برون پیکری با امواج شوک)) رایج ترین درمان سنگ های کلیوی در ایالات متحده آمریکا به شمار می رود. در این فرایند، امواج شوک از بیرون بدن قطعات سنگ را هدف گرفته و با خرد کردن آن ها زمینه خروج از طریق ادرار را فراهم می کنند. در بیماران مبتلا به احتباس ادراری یا بزرگی مثانه، قرار دهی سوند ادراری تنها اقدام لازم برای درمان اولیه است. در بیماران مبتلا به تنگی میزنای یا مواردی که امکان برداشت سنگ ادراری وجود ندارد، پزشک متخصص یک استنت را در میزنای قرار داده تا ادرار با دور زدن محل انسداد بتواند از بدن خارج شود. 

متخصص اورولوژی با وارد کردن دوربینی کوچک به مجاری ادرار می تواند محل انسداد را شناسایی کرده و جهت حل مشکل، استنت را به محل مناسب هدایت کند. هنگامی که امکان جایگذاری استنت وجود نداشته باشد، وارد کردن لوله نفروستومی در نظر گرفته می شود. در این روش، پزشک اورولوژیست یا متخصص رادیولوژی با استفاده از تصویر برداری فلوروسکوپی یک لوله را از پهلو به درون کلیه وارد کرده و امکان خروج را برای ادرار فراهم می کند.