در نوزادانی که مبتلا به بیماری عدم نزول بیضه هستند، کروموزوم های غیرطبیعی مشاهده شده است.

ایاتروژنیک، اختلالات شریانی آنوریسم ها (آنوریسم، کیسه ای شکل شدن یا اتساع موضعی در قسمت ضعیف دیواره  رگ است) است. این اختلال می تواند در پی عمل فتق و در اثر غفلت جراح بوجود آید.

از علل مکانیکی میتوان به چسبندگی های داخل شکم، مشکل در ساختار بیضه و ناهنجاری های مجرا اشاره کرد.

هورمون های جنسی (تستوسترون و دی هیدروتستوسترون) برای نزول بیضه ضروری میباشند. هر گونه كمبود در سطح این هورمونها می تواند به بیماری عدم نزول بیضه منجر شود.

این ماده از سلول های جنینی بوجود می آید و برای پایین آمدن بیضه ضروری می باشد از این رو کمبود این ماده می تواند به بیماری نهان بیضگی منجر شود

زیادی استروژن سبب بیماری نهان بیضگی می شود.