راه های انتقال زگیل تناسلی عبارتند از:

انتقال از طریق تماس جنسی واژینال: این روش شایعترین نوع انتقال زگیل تناسلی است و از طریق رابطه جنسی آلوده منتقل می شود. لازم به یادآوری است ملاک آلوده شدن به HPV بالینی، وجود زگیل تناسلی برجسته در روی آلت تناسلی مرد، در ناحیه عانه، کشاله ران و بیضه ها و در زنان وجود این زگیل ها در ناحیه دور واژن، لابیهای بزرگ و کوچک تناسلی است و اغلب به صورت خال های گوشتی برجسته و قهوه ای رنگ می باشند.

لازم به یادآوری و تاکید مجدد است که قطعی ترین روش تشخیص آلودگی به زگیل، معاینه بالینی توسط فرد متخصص می باشد و آزمایش تنها برای تعیین نوع زگیل (با نمونه برداری مستقیم از زگیل)، ارزش دارد. آزمایش هایی که اغلب از خون- ادرار و یا سوآپ از نسج سالم برداشته می شود، غلط می باشد و از نظر علمی جز نگرانی واسترسی که به بیمار و خانواده وارد می کند ارزشی ندارد و اکیداً توصیه نمی گردد. نتیجه اینکه آنهایی که بدون داشتن زگیل واضح، آزمایش آنها مثبت گزارش می شود اعتبار علمی ندارند.

دومین راه انتقال از طریق تماس جنسی آنال یا مقعدی می باشد: از نظر علمی، ارتباط جنسی از طریق مقعد به علت آلودگی شدید آن اصلا توصیه نمی گردد. سوزاک، سفلیس، ایدز، تبخال، شانکر، شانکروئید و زگیل، از بیماری های شایع منتقل شونده از طریق تماس جنسی مقعدی مخصوصاً بدون استفاده از کاندوم و پوشش بهداشتی می باشند.

زگیل تناسلی در این روش تماس جنسی که اغلب در هموسکژوال یا همجنسگرا ها دیده می شود، از طریق تماس پوست به مخاط، باعث آلودگی و درگیری دور مقعد می شود.