ناباروری یکی از اصلی ترین مشکلات کودکان مبتلا به نهان بیضگی است، از این رو نیاز به بررسی و پیگیری طولانی مدت دارد. شانس باروری در نهان بیضگی یک طرفه 51% و در نهان بیضگی دوطرفه 28 % می باشد. ناراحتی روانی یکی دیگر از عوارض عدم نزول بیضه است، که بیشتر بعلت اضطراب برای بارداری رخ می دهد. در افرادی که بیضه آنها تحلیل رفته است، برای بازسازی بیضه از پروتز استفاده می شود.

سرطان بیضه یک مشکل مهم دیگر می باشد، شانس ابتلا به سرطان بیضه در فرد مبتلا به نهان بیضگی تقریبا 3 برابر یک فرد نرمال است. خوشبختانه با جراحی به موقع (زیر 18 ماهگی) شانس ابتلا به سرطان بیضه تا حد زیادی کاهش میابد. پیچ خوردگی (تورشن بیضه) نیز یکی دیگر از عوارض نهان بیضگی است که در سن ۱۲ تا ۱۸ سالگی شایع بوده است.

در تورشن بیضه بیمار ناگهان با درد ناگهانی و شدید بیضه روبرو می شود. این بیماری که به علت پیچش طناب اسپرماتیک رخ می دهد یک اورژانس پزشکی محسوب می شود و فرد مبتلا باید هر چه سریعتر تحت عمل جراحی قرار گیرد در غیر اینصورت ممکن است عدم خونرسانی به بیضه ها، منجر به مرگ بافت بیضه ها و از دست رفتن انها شود.