علامت های وجود سنگ در کلیه ها کاملا متفاوت می باشد. بی علامتی و درد مبهم در پهلو، خون در ادرار، عفونت های ادراری عود کننده و نارسایی کلیه ها و یا دردی به نام کولیک کلیوی که از درد زایمان نیز شدیدتر می باشد و اغلب به علت حرکت سنگ و گیر افتادن آن در حالب اتفاق می افتد که باعث هیدرونفروز یا ورم و اتساع کلیه ها می گردد و اغلب با دردی ناگهانی توام با تهوع و استفراغ و خون در ادرار همراه می باشد.

هر چه اندازه سنگ کوچکتر است علامت و نشانه آن پر سر و صدا می باشد و برعکس آن، اغلب سنگ سازی شاخه گوزنی که شاخه دار هستند و حرکت نمی کنند، اغلب فاقد درد هستند و به صورت اتفاقی در چکاب کشف می شوند و چه بسا زمانی تشخیص داده می شوند که کلیه ها را به درجاتی تخریب کرده اند. به این سنگ ها قاتل خاموش کلیه ها نیز اطلاق می شود.

در مواقعی که عفونت ادراری مقاوم و عود کننده دیده می شود، باید به وجود سنگ در کلیه و سیستم ادراری شک کرد. چرا که باکتری ها از وجود سنگ به عنوان سنگر دفاعی استفاده می کنند. زمانی که آنتی بیوتیک مصرف می شود، عفونت از بین می رود و با قطع آنتی بیوتیک، باکتری ها از سنگر دفاعی سنگ بیرون آمده و باعث عود  دوباره عفونت می شوند.